Elegir el método, encriptar o desencriptar y la versión del cifrador. La versión estandar no distingue entre la I y la J y entre la U y la V. En la segunda versión todas las letras tienen una codificación única.

El cifrado baconiano es un método de esteganografía. La esteganografia es el arte de escribir mensajes ocultos de forma que nadie sospeche de la existencia del mensaje. En caso del cifrado baconiano cada letra se codifica con una serie de 5 caracteres consistentes en un numero de As y de Bs. Sin embargo, en un texto codificado con este cifrado, nunca verás esas series de As y Bs. Quedan ocultas con un texto. Un ejemplo es el codigo a través del tipo de letra, por ejemplo letras normales y cursivas. Las letras normales representan las As y las cursivas representan las Bs. De esta forma se pueden esconder mensajes secretos a la vista en texto normal.